まず要点から。
新しめの emacs でMac上で M-x gdb がうまくうごきません。
M-x gud-gdb は動くことがわかりました。
gud-gdbを使う場合はgdb --fullname commandで動かすと良いです。
原因ですが、Macの gdb が古い模様。最近の Emacsに添付されてる gdb は gdb/mi インターフェイス(よくわかってない)でやりとりするようで、一応うごくけどわけのわからぬ動作をするみたいです。
Gentoo-Prefix をつかって gdb いれてみたものの run ができませんでした。ツールチェーンまわりはよくわからないのでなんとも言えません。
gud-gdb ですが、これは gdb よりも機能が弱いものの模様です。古いeamcsがこれと同等のもので動いてるのかもしれませんが、調べていません。gdbに比べたら便利な機能は減るかもしれませんが、十分使えそうです。
LLDB/MI みたいなものがあれば良いのでしょうが、よくわかりません。
このあたりはMac使ってて不便なところですね。